نفت الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا، ما أثير أخيرا بشأن محاولة حزب "الحرية والعدالة" أو "جماعة الإخوان المسلمين" التدخل في شؤون الجامعة، أو زيارة وفد رسمي منتمي إليهم للاطلاع علي أبحاثها. وطلبت إدارة الجامعة في بيان لها، من وسائل الإعلام توخي الحذر في نشر شائعات من شأنها اقحام الجامعة في معترك سياسي هي بعيدة عنه". وأشار البيان إلى أن الجامعة المصرية اليابانية هدفها التعليم والمعرفة والتعمق في العلوم من أجل خدمة الأولويات الوطنية والقومية، للنهوض بالبحث العلمي بصفة عامة والاقتصاد المصري بصفة خاصة. وأضاف  البيان" أن الجامعة  تمد يدها لكافة التيارات والقوى المدنية والمنظمات المختلفة ورجال الأعمال لمشاركة الجامعة في انجاز رسالتها إيمانا بتكاتف الجهود ،الذي يعلي من شأن الابحاث التي تجريها الجامعة لخدمة الوطن والمواطن", مؤكدة أن أي تعاون سيكون بعيد عن الصراعات السياسية والحزبية والمصالح التي لا تسمح باقحامها فيها.