يمكن تقسيم عمليه حماية الملفات إلى مرحلتين رئيسيتين, تتمثل المرحلة الأولى بتأمين الجهاز الذي يحتوي على الملفات، والمرحلة الثانية هي حماية الملف نفسه. 1- المرحلة الأولى: يتم تأمين الجهاز عن طريق وضعه في منطقة تتميز بقدر من وسائل الأمن، مثل وضعه في مكان يسهل مراقبته، أو بالنسبة للشركات والمؤسسات وضع كاميرات مراقبة وأجهزة إنذار خاصة لحماية الأجهزة. أيضا يمكن تأمين الجهاز بوضع كلمة مرور قوية بحيث يكون من الصعب اختراقها, وتثبيت برامج لمكافحة الفيروسات وتحديثه باستمرار للمحافظة على الجهاز، وبالتالي حماية الملفات الموجودة عليه. يمكن أيضاً استخدام جدار حماية موثوق بحيث يعمل على فحص جميع المعلومات المستقبلة من الإنترنت لإعطاء الجهاز حصانة ضد التهديدات التي من الممكن أن يتعرض لها, لذلك يجب اختيار جدار الحماية المتناسب مع نظام التشغيل. 2- المرحلة الثانية: تتم عن طريق تأمين الملف بحد ذاته، وسوف يتم ذلك في عدة خطوات. أولاً, يجب وضع الملفات المهمة في أماكن مبهمة في الجهاز وذلك ليصعب الوصول إليها. ثانياً: عن طريق تغيير خصائص الملف، بحيث يمكن جعله مخفياً وذلك بتفعيل خاصية hidden utility بحيث لا يستطيع الوصول إليه إلا الأشخاص المصرح لهم، وذلك عن طريق كتابه اسم الملف في "run" في قائمة ابدأ. ثالثا: جعل الملف قابل للقراءة، وذلك من خلال تفعيل read only. رابعاً: تشفير الملف باختيار خاصية التشفير, بحيث تمنع هذه الخاصية أي مستخدم آخر لهذا الجهاز من الاطلاع على محتوياته. 3- حماية الملفات باستخدام برامج متخصصة: تتميز برامج التشفير المتخصصة بالتنوع والكفاءة العالية وسهولة التطبيق, وأيضاً توفر درجة عالية من الأمان والسرية المطلوبة لحماية الملفات، وسوف نقوم في سياق الكلام بذكر عدة أمثلة عن بعض هذه الأنواع مع ذكر خصائص كل نوع منها. folder loc يعتبر برنامج folder lock من أقوى البرامج المتخصصة بتشفير وحماية الملفات والمستندات الهامة، بالإضافة إلى توفيره خاصية إخفاء الملفات، وبالتالي نلاحظ توفيره ميزتين مهمتين هي: تشفير الملف، وإخفاءه أيضاً، وذلك بوضعه في مجلد محمي برقم سري. الجدير بالذكر أن هذا البرنامج يتوافق مع أغلب إصدارات ويندوز. MEO Free Data Encryption Software يعتبر هذا البرنامج من برامج التشفير المجانية المتوافق مع كل من نظام الماك، والويندوز أيضاَ، ويقوم هذا البرنامج بتشفير وفك جميع الملفات بمختلف الصيغ سواء كان ملف وورد,اكسل أو PDF. أيضا يقوم هذا البرنامج بالاحتفاظ بسجل يحفظ فيه جميع العمليات التي أجريت على هذا الملف. CryptoForge™ يتميز هذا البرنامج بتوليد أربع خوارزميات تشفير تضمن حماية الملفات بمختلف الصيغ والأحجام، بالإضافة إلى رسائل البريد، وأيضاً توفير نظام الضغط لتعزيز الحماية. هذه الخوارزميات تجعل عملية فك التشفير على درجه عالية من الصعوبة ولم يتم تنفيذها حتى الوقت الحالي.