وجاء تصميمه انسيابياً يتيح استيعاب صفوف أمامية كبيرة للمصلين وتصغر كلما اتجهنا للخلف,محققاً كثيراً من المرونة في دخول وخروج المصلين في أوقات الذروة . ويتسع الجامع لأكثر من 15000 ألف مصل داخل أروقته وخارجها , خصص منها قسم للنساء يتسع لـ3000مصلية، وهو عدد كبير يعكس مساحة الجامع الكبيرة وتصميمه العمراني الفريد الذي يجعل منه علامة بارزة بمنطقة تبوك. ويقع جامع الوالدين على مساحة إجمالية تصل إلى 125 ألف متر مربع وتحيط بالجامع ساحات خارجية مرصوفة ومكسوة بالمسطحات الخضراء تقدر مساحتها بأكثر من 30 ألف متر مربع بالإضافة إلى 300 نخلة وأكثر من 1500 شجرة متنوعة , كما صممت مواقف السيارات لتتسع لأكثر من 5000 سيارة، مع وجود مصعد كهربائي، ومبنى خاص لسكن الإمام والمؤذن يصل مساحته إلى 1300 متر مربع. وروعي في تصميم الجامع متطلبات واحتياجات ذوي الاحتياجات الخاصة فجهز بشاشات عرض حديثة تتيح لرواد الجامع من هذه الفئة الاستفادة من المحاضرات والدروس والندوات وحلقات تحفيظ القرآن الكريم, كما يضم جامع الوالدين مكتبتين علميتين إحداهما للرجال والأخرى للنساء وغرفة خدمات لإدارة أنشطة الجامع . وجهز الجامع بالسجاد الفاخر وزود بأكثر من 7000 نسخة من القرآن الكريم ، إلى جانب المستلزمات من حوامل مصاحف وتوفير كراسٍ لكبار السن وغيرها من الأعمال التي تخدم المصلين . وبحسب الموقع الحيوي الذي يقع عليه الجامع فسيكون معلماً رئيسياً من معالم منطقة تبوك، فهو يأتي على مفترق طرق رئيسية ويطل على كورنيش تبوك، ومحاذٍ للطريق الدولي الذي يسلكه الحجاج والمعتمرون والزوار أثناء قدومهم من منفذ حالة عمار.