تستحوذ مجموعة الرواتب والأجور والعلاوات للموظفين العاملين بقطاع وزارة الصحة على ما يتراوح بين 60 و65% من إجمالي ميزانية الوزارة البالغة 60 مليار ريال سواء على الباب الأول أو على برامج التشغيل الذاتي في الباب الثالث كما يصرف على النفقات التشغيلية والبرامج العامة والمشروعات الإنشائية والتطويرية 35%

وحسب إحصائيات وزارة الصحة التي حصلت عليها ، فإن عدد العاملين يتجاوز (250) ألف موظف في مختلف القطاعات يمثل الأطباء والفنيون منهم 70% وهناك تفاوت في رواتب العاملين في المدن الطبية والمستشفيات العامة والتخصصية والمراكز الصحية، وأشارت مصادر مطلعة بالوزارة، إلى أن المبلغ المتبقي من ميزانية الوزارة، يتوزع على تشغيل (279 مستشفى و 2259 مركزًا صحيًا في جميع مناطق ومحافظات المملكة)، ويعتبر التحدي الذي يواجه الوزارة هو التوفيق بين أجور العاملين وتوفير متطلبات المنشآت الطبية. 

و تشير المؤشرات العالمية أن ما يصرف على العنصر البشري في وزارات الصحة في الدول المتقدمة لا يتجاوز 35% من الميزانية المخصصة للقطاع

وتتلخص أهم النفقات التشغيلية والبرامج العامة على الأدوية والمعدات والمستلزمات الطبية، إعاشة المرضى، علاج المرضى في الداخل والخارج، التدريب والابتعاث، برامج التشغيل الذاتي والبرامج الوقائية.

وتشكل الأجور والبدلات وما في حكمها عبئًا كبيرًا على خزانة المملكة وتلتهم نصف ميزانية الدولة حيث يصرف 450 مليار ريال المرتبات موظفي الدولة والبالغ عددهم مليون و200 ألف.