اعتقلت السلطات السودانية، مساء الخميس، رئيس "حزب الوسط الإسلامي" الدكتور يوسف الكودة فور وصوله مطار الخرطوم  قادمًا من القاهرة بعد توقيعه على وثيقة الفجر الجديد في العاصمة اليوغندية كمبالا، وكان الكودة قد قدم استقالته من هيئة علماء السودان في أعقاب هجوم شنته الهيئة ضده، وقالت فيه "إن الكودة انضم إلى التيار المنادي لفصل الدين عن الدولة"، و من جانبه قابل رئيس حزب الوسط الإسلامي هجوم الهيئة بهجوم مماثل وصف فيه الهيئة بأنها "تركت الحديث عن معاناة أهل السودان وعن الصراع المسلح في إقليم دارفور وجنوب كردفان والنيل الأزرق  لتنصرف إلى قضايا هامشية مثل الإفتاء بحرمة سفر الرئيس السوداني عمر البشير إلى الخارج بعد ادعاءات المحكمة الجنائية الدولية بارتكابه جرائم حرب في دارفور وطلب المحكمة لتوقيفه"، وقد صلت اتهامات الكودة للهيئة بأنها  "تتاجر بالدين وتعمل لصالح النظام الحاكم في السودان". وفي تعليق له على الخطوة قال عضو في الحزب الحاكم في السودان ( المؤتمر الوطني ) فضل عدم الكشف عن اسمه لـ "العرب اليوم": "بالضرورة تتعامل السلطات مع الكودة كما تعاملت مع آخرين من أحزاب المعارضة وقعوا على الوثيقة التي تبنت إسقاط النظام عبر قوة السلاح، وتحدثت عن قضايا تصادم معتقدات أهل السودان مثل مناداتها بالعلمانية وفصل الدين عن الدولة". وكشف العضو عن أن أبواب المشاركة بالرأي أتيحت للرجل في المنابر بل تم اختياره في اللجنة المكلفة بوضع الدستور الدائم للبلاد لكنه أعلن استقالته من اللجنة، وكانت السلطات السودانية اعتقلت 6 من قيادات أحزاب المعارضة السودانية عقب عودتهم من كمبالا. ونقل عن رئيس "حزب الوسط الإسلامي" قوله في تصريحات سبقت عودته إلى الخرطوم "إن الهدف من لقائه بالمعارضة المسلحة وقادة الجبهة الثورية في كمبالا كان للتأمين على وحدة البلاد"، مضيفًا "إن توقيعه على وثيقة الفجر الجديد جاء بعد تأجيل بند فصل الدين عن الدولة لما بعد التغيير في مؤتمر دستوري جامع".