أعلنت هيئة الطيران المدني السودانية أنها ستفتح تحقيقًا في ملابسات منع السلطات السعودية لطائرة الرئيس السوداني عمر البشير من عبور أجوائها، وذلك لمعرفة أسباب منع الطائرة من عبور الأجواء السعودية، عندما كان البشير في طريقه إلى إيران للمشاركة في تنصيب الرئيس الجديد حسن روحاني. وقالت صحيفة "السوداني": إن الطائرة الرئاسية في الصيانة، وأن الطائرة التي كان يستقلها الرئيس السوداني تابعة لشركة سعودية للطيران ومجهزة تجهيزات رئاسية. وقالت الصحيفة: إنه - ووفقًا لمصادر - فإن الشركة ستخضع للمساءلة القانونية، إذا ثبت وجود خطأ، لأنها المسؤولة قانونًا - بحسب العقد - عن أذونات المطار والعبور عبر الأجواء والإجراءات الإدارية كلها. وأشارت الصحيفة إلى أن "وزارة الخارجية السودانية فضلت عدم الإفصاح عما إذا كانت تنوي استدعاء السفير السعودي في الخرطوم أم لا". إلا أنها أكدت "انتظارها لرد المملكة العربية السعودية، لمعرفة حقيقة الموقف والأسباب التي دعت لمنع طائرة الرئيس من العبور، رغم علمها المسبق بذلك". وقالت الصحيفة: إن طاقم الطائرة اتصل على برج المراقبة في السعودية، قبل دخول الأجواء بعدة دقائق، وجرت محادثة أبلغ فيها برج المراقبة  طاقم الطائرة بعدم إمكانية عبور الطائرة، لعدم وجود إذن مسبق.