تقوم هيئة البحرين للثقافة والآثار بإنشاء مركز زوار بموقع مسجد الخميس الأثري بعد أن تم الإنتهاء من ترميم آثار المسجد، وذلك لفتح آفاق جديدة لزيارة الموقع وتفهم مكانته وأهميته التاريخية من قبل المجتمع المحلي في المقام الأول من أجل إرساء مقومات الهوية المحلية، والزيارات السياحة الثقافية في المقام الثاني كوسيلة لإثراء الدخل القومي، حيث تنطبق هذه الإستراتيجية على جميع الأثار الوطنية سواء المادية وغير المادية دون تمييز.

وفي هذا الصدد أكدت معالي الشيخة مي بنت محمد آل خليفة رئيسة هيئة البحرين للثقافة والآثار أن ما تكتنزه مملكة البحرين من تراث وطني هو الجاذب الأول لسياحة ثقافية نوعية، قائلة: "إن البلدان التي لا تملك ثقافة لا تستطيع أن تجلب سياحة"، وأشارت معاليها كذلك إلى أن السياحة والثقافة وجهان لعملة واحدة، ولا بد من توظيف المواقع الأثرية في صناعة سياحة مستدامة تثري مكانة مملكة البحرين كمركز سياحي وثقافي، كما جددت معاليها شكرها لصاحب السمو الملكي الأمير سلمان بن حمد آل خليفة ولي العهد نائب القائد الأعلى النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء، وذلك لدعمه مشروع الاستثمار في الثقافة وإنشاء مركز زوار مسجد الخميس. 

وقالت الهيئة انها انتهت من عمل جميع الدراسات المختصة لبناء مركز زوار الذي تم تصميمه بدقة كي لا يطغي على المكونات التاريخية والأثرية التي تم الحفاظ عليها بالموقع الأثري، وقد بدأ بالفعل تنفيذ الأعمال. 

ويعود إنشاء المسجد حسب الروايات المحلية إلى عهد الخليفة الأموي عمر بن عبدالعزيز (99-101 هجرية /717-720ميلادية) ولم يتبق من البناء الأصلي سوى بعض العناصر المعمارية، والمنارتان الشاهدتان على موقع أطلال المسجد الحالية التي أعيد بناؤهما في أزمنة لاحقة، وتعد المنارة الغربية هي الأقدم وتعود إلى عام (450هجري/1058 ميلادي )، حيث يشير النص التأسيسي لها والموجود في قاعدتها، بينما يرجع بناء المئذنة الشرقية إلى القرن الرابع عشر ميلادي على نفس نسق المئذنة الغربية.

وسيحتوي مركز الزوار على جميع المعلومات التاريخية التي تؤكد على كون المسجد من أقدم المعالم الإسلامية، حيث يضم مركزا للمعلومات يتيح للزائر التجوال في قاعة لعرض تاريخ المسجد وأهميته ومكانته على مر العصور الإسلامية كأحد أقدم المساجد في منطقة الخليج، وكذلك تطوير الممرات المحيطة بالموقع وإضافة عناصر تجميلية ليصبح أحد أهم معالم التراث البحريني الإسلامي.

وقد قام الاستشاري كلاوس وهلرت بالتنسيق مع استشاري محلي بتصميم هذا المركز، وقد اشتهر هذا المهندس بتصميم متاحف المواقع الأثرية حيث تعكس تصاميمه احترام الموقع الأثري وإبراز أهميته وخصوصيته وعدم طغيان المباني المضافة من متاحف أو مراكز زوار على المبني الأثري.