اعتبر رئيس الحكومة اللبنانية نجيب ميقاتي، أن حادثة التعدي على الشيخين في بيروت، "محاولة واضحة لافتعال مشكلة كبيرة في لبنان، وافتعال فتنة مذهبية يسعى إليها البعض". وقال وزير الإعلام اللبناني وليد الداعوق، بعد جلسة لمجلس الوزراء، "إن ميقاتي أشار إلى أنه أعقب الحادثة ردات فعل مختلفة، أبرزها قطع الطرق في عدد من المناطق، إلا أن سرعة تحرك الأجهزة الأمنية في القبض على المعتدين سحب فتيل التفجير، وأشاد بالمواقف اللبنانية التي سعت إلى التهدئة ووأد الفتنة ومنع المصطادين في الماء العكر من تحقيق غاياتهم، كما أشاد بجهود رئيس مجلس النواب نبيه بري في معالجة تداعيات الحادثة بالسرعة القصوى، وأنه على الرغم أن الغالبية من القيادات سارعت إلى إدانة الحادثة، لكن ما حدث يؤكد ضرورة وقف الشحن والخطابات الانفعالية والعودة إلى طاولة الحوار من دون شروط لسحب فتيل التفجير، وطلب رئيس الحكومة من وزير الخارجية عدنان منصور متابعة موضوع القصف السوري للأراضي اللبنانية مع السلطات السورية، لأخذ الإجراءات اللازمة حفاظًا على حقوق لبنان، وبخاصة أن الجيش اللبناني يعمل على ضبط الحدود، في حين دان ميقاتي الخروق الإسرائيلية المتكررة للأجواء اللبنانية أخيرًا". وعن موضوع أزمة مرور الشاحنات المبردة، طلب الرئيس ميقاتي من وزير الزراعة حسين الحاج حسن، تقديم اقتراحات بديلة للتصدير، فيما أكد أنه سيتم متابعة نتائج اجتماع روما مع مختلف الأطراف على قاعدة إجراء الانتخابات وعبور لبنان لهذا الاستحقاق، في الوقت الذي أشار فيه إلى "حدث تولية البابا الجديد فرنسيس المهم آمل بأن يسير على خطى أسلافه في إيلاء لبنان الأهمية الخاصة".