أذنت النيابة العمومية في تونس يوم 2 أكتوبر بفتح تحقيق طبقا للفصل 31 من مجلة الإجراءات الجزائية بشأن ما تم الإدلاء به خلال المؤتمر الصحفي لهيئة الدفاع عن الشهيدين بلعيد والبراهمي.

ويتضمن التحقيق كذلك حول ما ذكر بخصوص "الجهاز السري" ل حركة النهضة، وفق ما أفاد به الناطق باسم المحكمة الإبتدائية بتونس والقطب القضائي لمكافحة الإرهاب سفيان السليطي اليوم الاثنين 3 ديسمبر.

وأوضح السليطي أن النيابة العمومية قامت باستئناف قرار عميد قضاة التحقيق بالقطب القضائي لمكافحة الإرهاب، والقاضي بالتخلي عن الموضوع لخروجه عن اختصاصه، أمام دائرة الاتهام بمحكمة الاستئناف بتونس، مشيرا إلى أنه تم الإذن بإحالة الشكوى التي تقدمت بها هيئة الدفاع عن الشهيدين للقضاء العسكري، على أنظار الوحدة الوطنية للأبحاث في جرائم الإرهاب التابعة للحرس الوطني بالعوينة، وذلك بعد قرار القضاء العسكري التخلي عن الموضوع للنيابة العمومية بتونس.

وأعلنت هيئة الدفاع عن الشهيدين شكري بلعيد ومحمد البراهمي، في مؤتمر صحفي عقدتها يوم 2 أكتوبر عن وجود ما أسمته بـ"الغرفة السوداء" بوزارة الداخلية، والتي قالت إنها تتضمن وثائق مسروقة من ملف قضائي عثر عليها بحوزة المتهم المدعو مصطفى خضر، مؤكدة وجود "جهاز سرّي" لحركة النهضة يقف وراء عمليتي اغتيال بلعيد والبراهمي. 

كما عقدت هيئة الدفاع عنه الشهيدين مؤتمرا ثانيا يوم 12 نوفمبر، أكد خلالها عضو الهيئة رضا الرداوي أن حاكم التحقيق الأول المتعهد بالقضية قام بالتنقل إلى وزارة الداخلية بتاريخ 9 نوفمبر وعاين وجود غرفة مغلقة مليئة بالوثائق وقام بحجزها، وتغيير أقفال الغرفة.

وأضاف في كلمته حينها، أن القائمين بالحق الشخصي سيتقدمون بشكاية ضدّ وزير الداخلية الحالي من أجل المشاركة السلبية وإعلان أخبار زائفة وإخفاء معطيات وملفات